もしかしたら交代させたことでフォメコン効果が失われたとかありません？
たとえば中央のベルゴスケならフォメコン発動時にピッチにいるマドリードFCの選手が5〜6人のときは最大99%、7人以上のときは107%強化される。
ピッチ上にマドリードFCの選手が7人いたとして、マドリードFC所属のGKを戦力値の高い別のチーム所属の選手に交代させたらチーム全体の戦力値が8%も下がることになる。

もしくは単にバンディエラの差であれば、どっちが強いかとかはなんとも言えないですね。
わたしがGKで重要視しているのは1stスキルがシュートのデバフのあるセービングスキルになってるかどうか。
たとえばポゼッションのシティのエデルソンは能力値は高いけどセービングスキルが回復とかでシュートデバフがないので作りませんでした。

（ニュアンスがうまく伝わるか自信ないのだけど）

長らく使ってきたGKより選手能力値が高いGKを入手できまして。喜び勇んで5凸て入れ替えてみたら、デッキの総合値が下がってしまいました。

得意戦術は同じで（どちらも監督の得意戦術通り）
GK個人の戦力値は3,000ほど上なのにも関わらず（苦笑）
総合値では400程下がってしまうのです。

原因はおそらく国籍によってバンディエラの影響をどれだけ受けたかの差なのだろうとは思っています。

　　　　ここで質問

バンディエラ効果等を考慮してのデッキ総合値が400ぐらい上なのと
選手能力値が3,000ぐらい上だけど効果の関係でデッキ総合値は400ぐらい下なのとでは、どちらが強いでしょうか。